Т.е. для аналоговой цепи (и не важно цепи или нет, а просто абстрактной системы у которой известно, что выходной сигнал вещественный) нужно афчх строить от -fs/2 до +fs/2 ?
Да.
И часть спектра входного сигнала для перемножения спектров соответственно надо переносить в область отрицательных частот?
Наверное, ответ будет тоже "да", хотя слово "переносить" я не вполне понял. Просто вторая половина вектора результатов ДПФ соответствует отрицательным частотам (вследствие периодичности спектров дискретных сигналов).