Построение поверхности мозга

ЦОС, обработка видео и изображений в MATLAB\Simulink

Модератор: Admin

Anile
Пользователь
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Вт мар 08, 2011 4:47 pm

Построение поверхности мозга

Сообщение Anile » Чт мар 08, 2018 2:17 pm

Подскажите, пожалуйста, как построить в матлаб поверхность, напоминающую поверхность мозга.
То есть, если задавать параметрически, всё равно ведь, будет выглядеть не так. Может, есть какие-то готовые функции.

maria_kipke
Пользователь
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт окт 05, 2017 4:37 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение maria_kipke » Пн мар 12, 2018 11:17 am

Есть раздел справки MATLAB: Changing Transparency of Images, Patches or Surfaces, мне кажется, что вам туда. Либо, поищите в справке слово earth, и просмотрите результаты: ищем примеры наложения текстур на поверхности.

Anile
Пользователь
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Вт мар 08, 2011 4:47 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение Anile » Пн мар 12, 2018 11:51 am

Мария, спасибо большое.
Я посмотрела, очень интересно. Но там это выглядит, как картинка, а мне нужно, чтоб можно было построить поверхность и работать с ней, как строятся различные простые поверхности (по формулам, например) и потом можно работать с точками (по координатам), областями и т.д. на них. То есть, как с построенным в матлаб объектом, а не картинкой.

maria_kipke
Пользователь
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт окт 05, 2017 4:37 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение maria_kipke » Пн мар 12, 2018 1:29 pm

Боюсь, что вам придется писать свой "развесистый" класс, который из облака точек p(x, y, z) будет формировать проэкции на задаваемые вами плоскости. Тогда, для каждой такой плоскости M, будет необходимо опустить перпендикуляр на нее из каждой точки pi(xi, yi, zi) по сути формируя некий двумерный массив S, где кординаты ai = S(i, j) будут отображением точки pi на плоскость M, а значение в ячейке S(i, j) - расстояние от pi до плоскости M. Если в процессе формирования массива S точка pi(x, y, z) попадает в уже занятую ячейку S(i, j) то выбирается та, которая находится ближе к плоскости M (здесь можно определять направление "взгляда", и анализировать только точки лежащие с определенной стороны от плоскости).
Тогда, после того как массив S будет сформирован, его можно отобразить либо в виде 2D изображения (к примеру imagesc(S)) - и будет вам срез, или в виде 3D изображения (к примеру surf(S)) - и будет вам поверхность (надо понимать, что для получения поверхности, плоскость должна распологаться "над" объектом).

Anile
Пользователь
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Вт мар 08, 2011 4:47 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение Anile » Пн мар 12, 2018 1:39 pm

Меня интересует получение изображения-- поверхности именно по рельефу напоминающей мозг. Поскольку сейчас много есть работ по мозгу, думаю, поверхности такого рода (именно выглядящие как мозг) существуют уже в готовом виде. Когда возможность построения такой поверхности есть, тогда уже нет вопросов ни относительно углов обзора, проекций и т.д. Дальше всё просто. Понятно, что можно построить, например, параметрически (и это-- самое удобное), но нужно знать именно формулу, которая задаст поверхность именно такого (внешнего) вида.

Anile
Пользователь
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Вт мар 08, 2011 4:47 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение Anile » Пн мар 12, 2018 1:40 pm

а не просто какую-то любую поверхность, как Вы предлагаете.

maria_kipke
Пользователь
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт окт 05, 2017 4:37 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение maria_kipke » Пн мар 12, 2018 2:19 pm

Сорри, не поняла идеи. Только я предполагала, что у вас есть облако точек - результат сканирования объекта с пространственными координатами, а вам надо построить по этим данным поверхность. Тогда вопрос звучит так: а вам зачем? Если научная работа в конкретной предметной области, то логичнее добыть реальные данные. Либо ищите любые, устраивающие вас, данные в виде массива точек p(x, y, z), в любом приемлимом формате и импортируйте в MATLAB.

maria_kipke
Пользователь
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт окт 05, 2017 4:37 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение maria_kipke » Пн мар 12, 2018 2:36 pm

Например, вам сюда http://human.brain-map.org

Anile
Пользователь
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Вт мар 08, 2011 4:47 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение Anile » Вт мар 13, 2018 7:16 pm

Спасибо. Что именно Вы имели там в виду?

maria_kipke
Пользователь
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт окт 05, 2017 4:37 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение maria_kipke » Ср мар 14, 2018 10:02 am

Атлас мозга в цифровом виде. Люди сканировали реальный мозг послойно.

Anile
Пользователь
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Вт мар 08, 2011 4:47 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение Anile » Ср мар 14, 2018 10:08 am

Данных по поверхности там не вижу.

maria_kipke
Пользователь
Сообщения: 90
Зарегистрирован: Чт окт 05, 2017 4:37 pm

Re: Построение поверхности мозга

Сообщение maria_kipke » Ср мар 14, 2018 1:12 pm

А вот это о чем?! http://help.brain-map.org/display/humanbrain/API

"Magnetic Resonance Imaging
T1-weighted MPRAGE scans were acquired for the postmortem brains using 3T Siemens Trio MR scanners (TI=900ms, TR=1900ms, TE=3.03ms, 9 degree flip angle, 1mm isotropic voxels). Scans were performed in cranio for some brains and ex cranio for others. See the Microarray whitepapers for more specific scan sequence details for each brain.

The T1, T2 and DTI (if available) volumetric data can be downloaded from the Web application or via the API.

All T1 images were registered to MNI space. FreeSurfer's affine registration was used for the in cranio scans. For ex cranio brains, the T1 was first rigidly aligned using FSL (Jenkinson, et. al, 2002) and then non-rigidly aligned using ANTS (Avants, et. al., 2011). The 3-D affine transform from a location in the MR volume to MNI space is encapsulated in the Alignment3d model. "